战略防御思想
在军事战略方面，茅元仪注重边海江防，关注战略防御。明代后期，西北边防、东南海防和江防都受到了严重的威胁，而这些地方的守备设施又因多年失修而罅漏百出。为此，茅元仪在《武备志》中多处阐述了加强国防建设的建议，主张实行边、海、江防并重的国家防御战略。他认为，国防建设的重点有三：“曰边、曰海、曰江。”边防的重点在广袤曲折的西北，绵延数千里，应当“选将练兵，时谨备之”，要随地建堡，坚壁清野，人自为守，以保护边民生命财产的安全。海防的重点在东南沿海，对日本窥伺我国的野心要严加防范，预先做好充分准备，务必要将入侵之敌“拒之于海”。与此同时，他还针对当时忽视江防，认为江防可缓作防备的思想，特别强调了加强江防的重要性。他指出：“迫海而亘中区，外溃则为门户，内讧则为腹心，故江之要与边海均。”并引用唐顺之、郑若曾、王鸣鹤等人《江防论》的观点，将江防分为三重门户，“门户既固，堂奥自安”。这些有针对性的边防观点在当时是十分可贵的。
茅元仪还有很强的战略忧患意识。在《占度载》中专门列出“四夷”部分，旨在让中华之人详细了解当时边疆各国的军事、风俗、地理等相关情况，以防止有朝一日面临的边境威胁。其在《占度载·度·四夷一》中说：“今天下承平，大患在于夷狄。夷狄之必难久怀，虽圣人复起，不能改也。故我考四夷，而谆谆焉。患先虑其大，故首以北虏。”茅元仪所说之四夷，涉及女真、朵颜三卫、日本、朝鲜等，他认为“臣叛亦何常，盛衰亦易改”。昔日的强者有可能变为弱者，成为明朝的属臣；现在的弱者也可能有朝一日成为强敌，威胁边境安全。“最强者北虏，而今冠带而朝者五十载。女真一小夷耳，授官制贡，奴而使之，今颉颃一隅，骚动天下，此事之已著者也。日本虽屡肆启疆，然志在通市，得其道，可颐指使之。朝鲜世为礼仪之邦，然积弱易降，不可相倚。北虏封贡已久，势难复保。女真奴酋，非渊、勒之流，一将得人，指顾歼夷，此事之未著者。”其在《日本考》中亦有“今我之御倭者綦密矣，然似密而实疏。兵减于伍，将玩于法，器毁于敝，然犹可言也……今防汛者，以捕鱼为业，而舟楫帆樯，敝者莫葺，缺者莫补，自失其险，寡将安弭，至于绝贡市，杜私贩，固万年长策哉。然亦未尽然也”。明确指出当时东南沿海地区对日本的防御过于疏漏，兵员不足，器械废弃，民众也没有必要的防御意识。虽然朝廷禁绝贡市，禁止民间商贸，但亦非长远之策，不能从根本上解决问题。琉球“亦协于倭，不以时至”。虽然表面上臣服中华，但是暗地里“礼义修于外，观望存于中，我恃其服，彼恣其慢，异日隐忧”，随时有可能联合异族攻击明王朝，不可不戒。所以，当朝者应该充分了解边疆各国之详细情况，制订合理的战略防御计划，以防万一。